Jõelähtme kirik on üks Eestimaa vanimaid kirikuid. Puust algkirik rajati arvatavasti taanlaste vallutusperioodil 1220-ndate algul. Kirjalikes allikates mainitakse esmakordselt Jõelähtme Neitsi Maarjale pühitsetud kirikut 1241. aastal ning keskaegse läänisüsteemi alusel kuulus see Tallinna Toomkirikule. Kirik ehitati muistse Repeli kihelkonna keskele, millest hiljem kujunes pisut väiksem Jõelähtme kirikukihelkond. "Kirik keset küla" - see ütlus peab siinkohal paika, sest kirik jäi suuremate külade vahele ning nii oli kättesaadav kõigile kihelkonna inimestele.

Praeguse väljanägemise on kirik saanud kolmes suuremas ehitusetapis, omandades lõpuks traditsioonilise "kolmikhüppelise" siluetirühma :

- 14. saj I poolel rajati kirik, mille põhiplaan ühtib vaid praeguse pikihoonega,

- 15. saj algul ehitati juurde kooriruum ning 1912. a lisati massiivne neogootilik läänetorn, mis asendas 1910. aasta põlengus hävinenud viilutorni. Ehituste käigus on lammutatud algselt põhjaküljel olnud käärkamber ning lõunaküljel olnud sandikoda.

Ka on muudetud akende kuju ja suurust, põhjasein oli algselt hoopis ilma akendeta. Murranguline oli ehitusloos aasta 1878, mil arhitekt Fr. Modi järgi sai kirik praeguseni püsinud neogooti kujunduse. Säilinud on mõned väärtuslikud kunstimälestised nagu 1639. aastal valminud renessanss-stiilis kantsel ning 1670. aastal valmistatud barokkaltar. Jõelähtme kogudust on pikka aega teeninud eesti kirjanduslukku läinud Gustav Heinrich Schüdlöffel (1798-1859), kelle viimane puhkepaik on siinsamas kirikuaias.